2012年12月27日，工业和信息化部与中国民用航空局共建南京航空航天大学协议在北京正式签署。根据中央八项规定要求，此次协议的签署不举办任何仪式，由工业和信息化部苗圩部长与中国民用航空局李家祥局长代表双方分别在协议书上签字。部局共建协议的签署是我校落实“坚持以航空为本，促进特色发展”办学理念的重大举措，是我校进一步彰显民航特色发展的重要里程碑，为我校的建设发展创造了更广阔的空间。
部局共建工作始于2011年，由校党委常委会研究决定启动该项工作；在后续一年多的时间里，工业和信息化部苗圩部长,中国民用航空局夏兴华副局长、梁启通司长等领导分别赴我校视察，就部局共建工作做出重要指示，有力推动了该项工作的进展。在苗圩部长和李家祥局长的共同关心和支持下，2012年共建工作取得实质性进展，工业和信息化部与中国民用航空局就部局共建相关工作达成共识,签署共建协议。
根据协议内容，工业和信息化部将支持我校进一步加强面向民航事业的人才培养，鼓励和引导优秀毕业生在民航系统就业，推动我校与中国民用航空局高校、科研机构、企业开展深度合作，建立协同创新的战略同盟，促进资源共享，联合开展重大科研项目攻关；并对民航特色学科专业建设和民航科学技术研究院建设给予政策和资金支持。
中国民用航空局将统筹考虑我校民航特色学科专业建设，在重点学科建设、科技攻关项目、课程建设、专业师资培养、教学实验室和实习实训基地建设等方面给予支持，提升我校民航特色专业人才培养能力和水平。同时，支持我校参与民航科技创新1516工程；围绕航空器适航性验证与审定、维修和保障、空管交通管理以及民航安全技术等方向，加强实验室或科研基地建设；加强空管、适航、机务、运输管理和机场运营管理、飞行技术等民航特色专业建设；促进我校和国内外民航高校、科研机构和企事业单位的深度合作。
工业和信息化部、中国民用航空局共建我校，是深入贯彻落实党的十八大报告中“坚持教育优先发展”的精神以及《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》的要求，促进高等教育事业科学发展的新举措，将进一步发展我校民航特色，大力提升人才培养质量，提升科学研究水平，增强社会服务能力，推进文化传承创新，为工业化、信息化、国防现代化建设和民航事业发展做出更大贡献。
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